酶制劑在果蔬加工中應(yīng)用范圍很廣，例如：果蔬中的果膠是植物細(xì)胞的間隙物質(zhì)。果膠具有很高的粘稠度，它的存在給榨汁、過濾和澄清帶來困難。使用果膠酶處理，可以大大提高榨汁收得率和果汁澄清效果。
由于果膠酯酶與聚半乳糖醛酸酶的協(xié)同作用，使果膠降解，粘度下降，只需較短時間，懸浮物即沉淀而完成澄清過程。同時它可做果漿處理劑，將果漿中的果肉液化變成流質(zhì)。用果膠酶處理的果汁即使?jié)饪s也不會凝聚成凍，故可制作濃縮果汁。
用于帶果肉桔子汁防止白濁，生產(chǎn)柚苷酶的黑曲霉也產(chǎn)生橙皮苷酶，可將引起白色渾濁的、桔肉帶來的橙皮苷分子中的鼠李糖與葡萄糖切下，成為水溶性橙皮素。將桔肉置于酶液中保溫半小時，可使橙皮苷溶解除去。
用于果汁脫色，花青素酶可切去花青素的葡萄糖苷鍵引起自發(fā)開環(huán)而成為無色物質(zhì)。如用花青素酶處理桃醬、葡萄汁可使之脫色。
用于桔子囊衣的脫除，加工桔子砂囊，一般用酸堿處理脫去囊衣，并排出大量廢水。從黑曲霉中篩選出來的內(nèi)切型聚半乳糖醛酸酶等具有很強的脫囊衣作用。
用于果蔬保藏，瓶裝桔汁貯藏時，因光線照射而生成過氧化物，促進(jìn)氧化，使色澤和風(fēng)味變壞，若用葡萄糖氧化酶、過氧化氫酶去氧，可保持食品原有色、香、味。用葡萄糖氧化酶也可防止水果冷凍保藏時的發(fā)酵變質(zhì)而達(dá)到保鮮效果。
用于分解有害膠體改進(jìn)超濾效果，用多酚氧化酶或蛋白酶，可使超濾截留物中不含澄清劑，使之可作為纖維源而用于食品加工。
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