質(zhì)譜技術(shù)在蛋白鑒定等實驗中具有不可忽視的作用，應用前景十分廣泛。那么，有問題了怎么解決呢?
問題1. 一級質(zhì)譜和二級質(zhì)譜有什么區(qū)別?什么時候做一級，什么時候做二級?
答：一級質(zhì)譜鑒定的方式主要指胎指紋圖譜(peptide-mass mapping, PMF)，即利用質(zhì)譜儀精確測量酶解片段的分子量并搜庫比較實現(xiàn)蛋白質(zhì)的鑒定，二級質(zhì)譜是在一級質(zhì)譜的基礎(chǔ)上再選擇部分肽段做進一步的破碎并對碎片進行深入分析和比較，鑒定出該肽段的序列并結(jié)合PMF的結(jié)果從而實現(xiàn)蛋白質(zhì)的鑒定。二級質(zhì)譜能夠得到部分肽短的序列，具有更高的可靠性。隨著現(xiàn)在雜志對數(shù)據(jù)的要求越來越嚴格，二級質(zhì)譜鑒定是蛋白鑒定的大趨勢，而且即使目前做一級質(zhì)譜鑒定的結(jié)果，也需要挑選部分PMF結(jié)果做二級質(zhì)譜驗證。
問題2. 研究的物種不是模式生物怎么辦?
答：可以參考親緣關(guān)系最近的模式生物做比對而實現(xiàn)蛋白質(zhì)的成功鑒定，如果質(zhì)譜圖很好而沒有鑒定結(jié)果說明這是一個全新的蛋白，可以采用de-novo等技術(shù)做深入分析與鑒定。
問題3. 該如何評價質(zhì)譜效果的好壞?
答：做PMF一般得分超過60分(P<0.05)就算成功鑒定，而串聯(lián)質(zhì)譜，得分超過60分或者雖然沒有超過60分，但是有最少一條肽段的得分超過30分就算成功鑒定。
問題4. 一些特殊的質(zhì)譜方法有什么用途?
答：質(zhì)譜的其它用途包括修飾位點分析、蛋白測序、混合蛋白鑒定以及分子量精確測定、二硫鍵位置分析等等。
問題5. 用什么染色方法比較好?
答：最好用考馬斯亮藍法進行染色，銀染也可以，但鑒定成功率稍低，并且推薦用串聯(lián)質(zhì)譜對銀染蛋白進行鑒定可以大大提高鑒定成功率。
問題6 質(zhì)譜鑒定取膠點有什么注意事項?
答：離心管最好用進口離心管，以免塑料污染；水最好用去離子水或者雙蒸水；取點的時候帶好口罩與手套，以免角蛋白污染。
問題7. 凝膠是否可以長期保存?該如何保存?如何運送?
答：蛋白凝膠可以長期保存而不影響質(zhì)譜鑒定效果，一般而言，如果在一兩個星期以內(nèi)，最好用保鮮膜包好，放到4度冰箱保存，如果保存時間超過一個月，可以把蛋白點取下后放入-20度或者-80度冰箱，不會影響后續(xù)質(zhì)譜鑒定效果。運送膠點的時候采用常溫運送即可，三五天內(nèi)都不會有太大的影響。
問題8. 質(zhì)譜鑒定大致是什么流程?
質(zhì)譜鑒定主要包括蛋白酶解、質(zhì)譜數(shù)據(jù)獲取、對庫檢索三個步驟。
問題9. 串聯(lián)質(zhì)譜鑒定和質(zhì)譜測序有什么區(qū)別?
質(zhì)譜鑒定往往采用軟件對已有數(shù)據(jù)庫進行自動檢索匹配得到結(jié)果，而質(zhì)譜測序則需要根據(jù)質(zhì)譜峰圖中相鄰或者相近峰的分子量差異直接推算出肽段的序列。
問題10. 未知蛋白質(zhì)是通過質(zhì)譜還是蛋白質(zhì)測序儀來測序的呢?
現(xiàn)在比較簡單的方法是質(zhì)譜法。如果質(zhì)譜法不能確定的話還可以結(jié)合N端測序，可測10幾個氨基酸。兩個數(shù)據(jù)結(jié)合分析基本可以確定目的蛋白了，現(xiàn)在的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫相當強大了。
